(財)肥後医育振興会は、細川藩再春館以来240年におよぶ肥後医育の伝統を支えにして、熊本での医学教育や研究を助成し、地域医療の向上と住民の健康増進を図る目的で、平成8年5月に設立された公益法人です。
現代の医療は、多岐に分化した専門家のチームワークとして展開されており、しかも日進月歩の状況です。また、県民にたいする医学啓蒙活動の重要性も高まる一方です。一方、各専門分野の研究も高度になり大変な経費がかかります。医療関係者の国際交流もないがしろにできません。各々の地域で努力し工夫をして、必要な医育を達成することが重要であるとの考えから、熊本大学医学部創立百周年を機に、この財団が設立される運びとなりました。
平成20年12月1日に公益法人制度が抜本的に改正されたことに伴い、熊本県より新制度における公益法人の基準に適合するとの認定を受け、平成22年1月4日より名称を「公益財団法人肥後医育振興会」に改め、新たに公益法人としてスタートしました。